此庙因为建在贝子旗，而且又是贝子巴拉吉尔道尔吉主持建造、故名贝子庙。清雍正年间，有一名叫巴拉吉尔隆德布的活佛从遥远的青海历经干辛万苦，一路诵经布道，来到锡林河畔，深受巴拉吉尔道尔吉的祟拜和赏识。为了表示对活佛的谢意。于1741年巴拉吉尔王爷给活佛建造了一座小庙。随之贝子庙听教、出家人的增多，小庙里拥挤不堪，乾隆八年(1743年)，开始修建规模宏大的庙宇，砖、瓦、石及其佛像经卷，均是用骆驼和勒勒车从张家口、多伦等地运来，有的从西藏等地运来。1786年，乾隆帝赐封巴拉吉隆德布为一世活佛和“阿日旺、章龙、斑智达”等称号。意为“聪明传教师”。并赐给满、蒙、汉、藏四种文字匾额，颁发了度牒。“班智达葛根庙”由乾隆皇帝钦赐汉名“崇善寺”。

到第二世活佛时，佛殿经堂又大规模扩充。寺庙经过一百多年的兴盛期，到清光绪年间达到极盛。喇嘛最多时达1200多人。寺庙的上层喇嘛与西藏拉萨和山西五台山等地的宗教上层一直保持着密切的联系。

贝子庙的建筑别具一格。飞檐斗拱、雕梁画栋、重楼复阁。千姿百态的诸佛塑像，富丽堂皇的绘画装饰，均具有鲜明的民族特色。贝子庙历经苍桑，在1966年“破四旧”运动中，几天之内庙顶被砸、塑像被毁、堆积如山的经卷、图书被付之一炬。

近年来，当地政府投资60多万元开始修缮贝子庙。目前，已修缮完毕的珠都巴殿焕然一新。不久的将来，整个贝子庙将会重放异彩。

贝子庙背靠额尔敦敖包山。敖包山不太高，但也是锡林浩特市内地貌的最高点。山的四周植有茂密的树木，抬眼望去郁郁葱葱。在贝子庙东西两院中间有一条大约十米宽的夹道，直通敖包山的山顶。20年前，我们每天早晨出操，就是从这里跑步爬上山顶，有时也在山顶上进行户外科目的训练。现在的夹道已经修建了青石台阶，更宽更平的山顶上建起了花岗岩圆丘，圆丘上耸立着十三个高大的敖包，十三个敖包成东西向一字排开，并由迎风飘扬的彩幡紧紧相连。每个敖包上都挂满了圣洁的哈达，承载着人们对幸福、平安的企盼。